時に、西暦2098年。文明の絶頂期を迎えた人類は、突如現れた謎の敵、パラレイドによって滅びの淵へと追いやられていた。人類は生存を賭けて団結し、人型機動兵器パンツァー・モータロイドを駆使して抵抗するも、戦局は絶望的な状況に陥っていた。総力戦の中、一人の少年兵がその命を賭けた戦いに身を投じる。 摺木統矢――彼は使い捨ての幼年兵として最前線で戦い続けていた。幼馴染の死という深い悲しみと絶望に直面し、彼の心は折れかけていたが、内に秘められた謎の力が覚醒する時が訪れる。復讐の炎を胸に、統矢は人類最強の戦士として新たなる戦場へと向かう。