二〇九七年三月。イギリスが誇る戦略級魔法師、ウィリアム・マクロードはオーストラリア軍と提携し、日本を標的とした作戦を進めていた。一方、達也と深雪は四葉真夜から呼び出しを受け、沖縄に行くことを依頼される。表向きは、五年前に起こった沖縄侵攻事件の慰霊祭に十師族の公務として参加するため。しかし真の目的は、人工島の竣工記念パーティーを狙ったテロ計画を止めることにあった。南洋の小島を舞台に、複数の思惑が交差する大事件がいま始まりつつあった……。

達也たちにとって二度目の九校戦は、突然発表された新種目への対応で各校とも大騒ぎに！　だが、その裏では十師族の一つ・九島家による新たな陰謀が胎動していた……!!

魔王を討つため最強の従者（スレイブ）とともに戦っていたが、金も武器もコネもない異国へと飛ばされてしまったフィル・ガーデン。従者と連絡不能な状況に覚悟を決め、異国の街レイブンシティで体制を立て直そうとギルドを訪れるが、そこで夜魔（ナイトメア）で剣士のアム・ナイトメアと出会い、物語が再び動き始める。これは、力は弱いが能力（スキル）と経験（キャリア）はあるSSS等級探求者にして伝説の魔物使いが栄光を取り戻すまでの物語だ――。

江副和彦は、経営コンサルタントを生業とし独身を謳歌していた。 だが突如、彼の自宅の庭にダンジョン――『深淵』が出現し一変！ 興味本位で足を踏み入れたことで「ダンジョン・システム」が起動し、江副の下僕を名乗る謎のくノ一・朱音まで現れ、衝撃の事実を告げる。 「今後、世界中に全666のダンジョンが出現し、　10年以内に全てを攻略できなければ…… 『魔物大氾濫』により人類は滅亡します」 さらに、その事実を知るのはシステムを起動した江副ただ一人。 図らずも招いてしまった世界の危機を救うため、彼がまず始めたのはダンジョンの検証と改良――”ダンジョンＤＩＹ”で……。 東京の片隅から人類の未来を守るダンジョン攻略譚、開幕！