遥か未来。進化しすぎた機械生命群に支配されたとある惑星。 人類は滅亡の危機に瀕しながらも、教会が選ぶ《予言の英雄》に生存圏拡大の希望を持っていた。 一方、幼い頃より英雄に憧れていた青年レリン＝クリフィスは、誰もが認める優秀な圏外探索者だったが英雄には指名されずやさぐれていた。 人生の目標を失っていたレリンだったが、本来敵であるはずの機械の少女・ウルと出会い衝撃の事実を聞かされる。 なんと、ウルは人類がやがて絶滅するという未来を知っており、それを救えるのはレリンだけだというのだ！ レリンは彼女と行動をともにし始めるが、その先には想像を絶する困難が待ち構えていた──

黒須大輝はいたって普通の高校生である。しかし大輝は平穏すぎる日常に違和感を感じていた。ある日、大輝は激しい動悸と共に訪れた街角で一人の少女と出会う。彼女は現世に潜み暮らす魔女だった…！