幼なじみは空飛ぶ巫女!? 亡き母の生まれた島に引っ越した少年・怜音。彼の前に現れた少女・リンコ。彼女は巫女で、不思議な力を持っていた。仲良くなる二人だったが、ある日怜音はリンコから衝撃の告白を受ける。それを聞いた怜音は!? そしてリンコが背負う運命とは!? ちっちゃな島のおっきな不思議、少年と少女は神の歴史に直面する!?