自由な校風の『葵宮（あおいのみや）学園』と規律ある校風の『鏑矢（かぶらや）学園』。同一敷地内にあり、今日も激しく争っているふたつの学校は、長い間『陣取合戦』を繰り広げていた因縁の関係。三つの陣すべて奪われると、なんと学園自体がなくなってしまうのだ。そんなある日、葵宮の新しい“姫”が鏑矢にさらわれてしまう。何にでも首をつっこむ玲（あきら）、幽霊が大の苦手の海樹（かいき）、実は権力者の息子・死惟（しのぶ）の三人は調査に乗り出すが－－。

先代竜帝が姿を隠して500年、ナータスは母親の元に帰ってきた。 たくさんの土産話と、ひとりの精霊族を連れて。 ナータスは母・レイスリーネを喜ばせるために世界中を旅しているのだ。 そんな彼が何か秘密を抱える竜族・離桜（りお）と出会い――。 伝説のドラゴンファンタジー「ドラゴン騎士団」の次世代ストーリー、ついに開幕！