アクエリオンのかつての激戦から１万２千年後、異次元からのアブダクターが人間を拉致し、その襲来に人々は怯えて暮らしていた。これに対抗できるのは「アクエリア」と呼ばれる合体兵器のみ。自分に自信のないアマタは、映画館でミコノという少女と出会ったところ敵に襲われ――!?いま、終わりを抱いた神話がはじまる！