地球侵略を策謀するマゾーン。腐りきった地球、そこでこれに立ち向かう闘う魂を持った男は、無法者と言われた宇宙海賊だった…。全世界の熱い声援をうけ、ハーロックが船出する!!

星野鉄郎は少年から青年へと成長を遂げていた。一緒に旅を続けていたメーテルと別れ、荒廃した地球で希望を捨てず、人類の未来を信じ戦い続ける鉄郎は、クイーンエメラルダスより衝撃的な事実を告げられる。そして鉄郎は3度目の、「銀河鉄道999」での旅に出るのだった…。